Die herpetologische Sammlung umfasst ca. 160.000 Amphibien und Reptilien, von denen die ältesten über 280 Jahre alt sind. Sie verteilt sich auf 1.400 Knochen-, Skelett- und Trockenpräparate, ca. 155.000 in Alkohol konservierte Tiere, sowie Gewebeproben und Rufaufnahmen von Fröschen. Weiterhin umfasst die Sammlung ca. 5.000 Fotos diverser Exemplare (hauptsächlich Typen) und Micro-CT-Scans von über 1.000 Arten.

Während der historische Teil der Sammlung (Mitte 18. Jh. bis vor dem zweiten Weltkrieg) Material aus der ganzen Welt umfasst, liegt der derzeitige Sammlungs- und Forschungsschwerpunkt u.a. auf den Amphibien Afrikas.

Neueres Sammlungsmaterial umfasst neben den Tieren in aller Regel auch genaue georeferenzierte Fundortangaben, Gewebeproben für genetische Analysen, Farbaufnahmen der lebenden Tiere und Aufnahmen der Rufe von fischen im Tierstimmenarchiv des Museums.