Die Fische (Pisces) sind eine sehr vielfältige Gruppierung von primär im Wasser lebenden Wirbeltieren. Die Ichthyologische Sammlung umfasst etwa 133.490 Objekte und enthält etwa 50 % der über 29.000 nominellen Arten. Unter den Exemplaren sind 1.100 Fischskelette, 1.750 Trockenpräparate und Fischhäute und 130.640 in Alkohol konservierte Fische.

Die Sammlung ist von mittlerer Größe, aber durch die Fülle historischer Belege weltweiter Herkunft ist sie in Deutschland einzigartig und weltweit für taxonomische und biogeographische Recherchen bedeutend.

Die ältesten und wissenschaftshistorisch wertvollsten Bestände sind die Fischsammlungen von Marcus E. Bloch (1723–1799) und einige erhaltene Fischpräparate von Peter S. Pallas (1741-1811). Beide Sammlungen stammen aus dem späten 18. Jahrhundert.

Die Sammlung beherbergt außerdem Exemplare der Nordafrikaexpedition 1820-1825 von Friedrich W. Hemprich (1796-1825) und Christian G. Ehrenberg (1795-1876), viele Präparate der Anatomischen Sammlung von Johannes Müller (1801-1858), der als Begründer der modernen Zoologischen Systematik gilt, sowie einen Großteil der Fische, die auf der "Valdivia", der Deutschen Tiefsee-Expedition, 1898-1899 gefangen worden sind. Diese war die erste deutsche Meeres-Forschungsexpedition, die zoologisch-wissenschaftlich motiviert war und eine Fülle an neuen Erkenntnissen über Tiefseeorganismen und -lebensräume geliefert hat.

Neuere, umfangreiche Aufsammlungen stammen unter anderem vom Institut für Hochseefischerei der ehemaligen DDR.